Elhivatottságában Hippokratésszel vetekedett a Görgei sebeit gyógyító Markusovszky Lajos

A felvidéki Csorbán született evangélikus nemesi családban, már gyermekként megtanulta a magyar mellett a német és a szlovák nyelvet is. Pozsonyban jogot tanult, majd a pesti egyetem orvosi karára iratkozott be – ennek finanszírozásához a Festetics családnál vállalt előbb magántanári, majd nevelői állást.

Orvosi diplomáját 1844-ben szerezte meg, disszertációjának címe Az orvos mint nevelő volt. Előbb Párizsban, majd két évet Bécsben tanult tovább állami ösztöndíjjal, itt Joseph Wattmann műtőnövendékeként is tevékenykedett, és barátságot kötött Semmelweis Ignáccal. 1847-ben visszatért Pestre, és Balassa János asszisztenseként dolgozott a sebészeti klinikán.

Európában az elsők között alkalmazták a dietil-éteres altatást, a szer kábító hatásait Markusovszky először saját magán próbálta ki.

Jelen volt 1848. március 15-én a forradalom főbb eseményeinél, majd a honvédorvosok képzésére létrehozott tanfolyamon oktatott sebészetet és műtőgyakorlatokat („sebészi kötszer- és műszertan” néven). Balassa miniszteri tanácsossá való kinevezése után rá hárult a fővárosi sebészeti klinika irányítása.

1848 novemberétől a feldunai hadsereg törzsorvosa volt, az 1849. július 2-ai második komáromi csata után ő kezelte Görgei Artúr tábornok Ácsnál elszenvedett fejsérülését. A fiatal tábornokot ezután a klagenfurti száműzetésbe is elkísérte a világosi fegyverletételt követően.

1850-ben visszatért Pestre, ahol a Bach-rendszer önkényuralma megfosztotta állásától politikai megbízhatatlansága miatt.

1851-től ismét a fogságból kiszabadult Balassa János magánasszisztense lett, tagja volt a körülötte kialakult haladó orvosi körnek, amely a magyarországi orvosképzés és közegészségügy létrehozását vázolta fel. 1857-ben megalapította az Orvosi Hetilapot, amelynek 32 évig állt az élén.

Magántanárrá való kinevezését az egyetem visszautasította evangélikus vallása miatt, így magánpraxisban orvosként is dolgozott – többek között a Trefort és az Eötvös család háziorvosa is volt.

Az ekkoriban kiépült kapcsolatainak köszönhette, hogy az 1867-es kiegyezést követően Eötvös József vallás- és közoktatásügyi minisztériumában titkári állást kapott, előbb az orvosképzési, majd általában véve az egyetemi ügyek előadója volt, végül a miniszteri tanácsosi rangig is eljutott.

Markusovszky javasolta a Kolozsvári Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetem felállítását, és jelentős szerepe volt mind a pesti, mind a kolozsvári egyetem oktatási színvonalának európai szintre emelésében.

Az 1868-ban létrejött Országos Közegészségi Tanács tagjaként, majd később elnökeként részt vállalt az országos közegészségügyi rendszer kiépítésében, és a pesti egyetemen a közegészségtani tanszék is az ő javaslatára alakult.

Eötvös 1871-es halála után Trefort Ágoston lett a vallás- és közoktatásügyi miniszter, Markusovszky vele is jó munkakapcsolatot ápolt. Az 1876. évi XIV. törvénycikk, azaz a közegészségügyi törvény kidolgozásában is nagy szerepe volt.

1892-ben nyugállományba vonult, érdemei elismeréséül az orvosi egyetem 1893-ban tiszteletbeli egyetemi tanárrá választotta a katedrájától korábban megfosztott orvost. 1863-tól volt a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagja volt, 1890-ben választották rendes taggá.

Hetvennyolc évesen, 1893. április 21-én érte a halál a horvátországi Abbáziában (ma Opatija), ahol gyógykezelésen vett részt. Hamvait a Markusovszky család birtokán, Vasegerszegen helyezték örök nyugalomra, temetésén jelen volt Görgei tábornok is. Szombathelyen kórház, a budapesti Semmelweis Egyetemen és a Debreceni Egyetemen is kollégium viseli nevét.