Egy élet az elesettek oltalmának jegyében

A következő évben indult el Afrikába, ahol 1913-ban Lambarénében, a mai Gabon területén, az akkori Egyenlítői-Afrikában alapította meg kórházát. A cél az első perctől fogva a helyiek ápolása, kezelése, gyógyítása volt, eleinte igen kezdetleges körülmények között, hiszen nem hemzsegtek körülötte a pénzes támogatók: orvosi rendelőjét először egy ólból alakította át, majd később ezt bővítette tovább. A gyógyítás mellett prédikációkat is tartott a helyieknek, akiket karitatív alapon élelmezett is, ha tehette.
Noha Schweitzer tevékenységének nem voltak árnyoldalai, az első világháború kitörésekor ő sem számíthatott sok jóra: a franciák az ellenséges Németország polgáraként őt és feleségét is letartóztatták, majd házi őrizetben tartották őket. 1917-ben továbbmentek: Afrikából különböző franciaországi fogolytáborokba internálták a házaspárt.

A háború végeztével Schweitzer francia állampolgár lett – hiszen szűkebb szülőhazája, Elzász Franciaországhoz került –, majd segédorvosként, illetve lelkészként, templomi karnagyként dolgozott Strassbourgban. Ekkor már számos országba hívták előadásokat tartani nézeteiről és afrikai tevékenységéről. Orgonistaként szintén tekintélyes összegeket gyűjtött arra, hogy visszatérhessen álmához, és folytathassa a gyógyítást Afrikában. Erre végül a ’20-as évek közepén nyílt lehetősége, amikor újjáépítette gyógyintézetét: a kórház ekkor már betegek százainak rendszeres fogadására is alkalmas volt. Schweitzer a legjobbkor érkezett a helyszínre, ahol 1925-ben súlyos vérhasjárvány tört ki: emberek ezreinek életét mentette meg. Tevékenysége a gyógyítás mellett kiterjedt a helyiek élelmezésére és oktatására is, vagyis komplett missziót hozott létre Lambarénében.

A következő években már gyakorlatilag állandó jelleggel Afrikában rendezkedett be: a németországi politikai fejlemények iszonyattal töltötték el, a második világháború kitörésekor pedig már elsősorban angol és amerikai támogatók segítségével végezte tevékenységét a fekete kontinensen.
Európába legközelebb 1948-ban tért vissza. Ekkor már világszerte ünnepelt humanistaként járta a kontinenst, és Észak-Amerikában is rendszeresen tartott előadásokat, 1953-ban pedig Nobel-békedíjat kapott – jellemző módon az ezzel járó tekintélyes pénzösszeget is teljes egészében a lambarénéi kórházmisszió bővítésére fordította. Ebben a korszakban már elsősorban a háborúk és a nukleáris fegyverkezés ellen emelt szót: munkabírása egészen 1965-ös haláláig nem lankadt, a végzet is Lambarénében érte.

Kórháza a mai napig működik.